Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu Masjid Syuhada (SMP IT Masjid Syuhada) Yogyakarta secara resmi berdiri pada tanggal 25 Maret 2004 seiring dengan adanya SK dari Dinas Pendidikan dan Pengajaran Kota Yogyakarta Nomor 188/853 Tahun 2004. SMP IT Masjid Syuhada berlindung dalam Yayasan Masjid dan Asrama (YASMA) Syuhada Yogyakarta bersama dengan TK Masjid Syuhada dan SD Masjid Syuhada Yogyakarta.

Lokasi SMP IT Masjid Syuhada berada di kompleks Masjid Syuhada Yogyakarta di Jalan I Dewa Nyoman Oka No. 28 Kotabaru Yogyakarta 55224, dengan nomer telepon 0274 563972.

SMP IT Masjid Syuhada menyelenggarakan kegiatan pendidikan formal dengan kurikulum intergasi antara kurikulum Pendidikan Nasional dan Kurikulum Pendidikan Agama Islam.

Tahun 2009, SMP IT Masjid Syuhada Yogyakarta telah terakreditasi berdasarkan SK Badan Akreditasu Provinsi Sekolah/Madrasah (BAP S/M) Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor : 12.01/BAP/TU/X/2009 Tanggal 12 Oktober 2009 dengan peringkat “B”. Dengan peringkat “B” ini memacu SMP IT Masjid Syuhada Yogyakarta untuk berusaha lebih untuk dapat meningkatkan peringkatnya menjadi peringkat “A”.

Alhamdulillah, tahun 2014, SMP IT Masjid Syuhada Yogyakarta mengikuti Akreditasi Sekolah ke-2 dan telah divisitasi tanggal 26-27 September 2014. Dan Berdasarkan SK Badan Akreditasi Sekolah/Madrasah DIY Nomor : 16.01/BAP-SM/TU/X/2014 tanggal 16 Oktober 2014, SMP IT Masjid Syuhada mendapatkan peringkat Akreditas “A”. Semoga SMP IT Masjid Syuhada Yogyakarta selalu berkembang dan menjadi sekolah unggulan di Kota Yogyakarta, DIY, dan Indonesia.

SMP IT Masjid Syuhada Yogyakarta pendidik sejumlah 18 orang dan karyawan sejumlah 5 orang. Seluruh pendidik di SMP IT Masjid Syuhada memenuhi kualifikasi Sarjana (S-1) sesuai dengan latar belakang pendidikannya.

Lokasi SMP IT Masjid Syuhada yang berkdekatan dengan RRI, Balai Bahasa, Jogja Study Center (JSC) dan beberapa lembaga yang dapat dipergunakan sebagai sumber belajar siswa. Hal ini memungkinkan untuk SMP IT Masjid Syuhada Yogyakarta dapat lebih berkembang dimasa-masa yang akan datang..