Prestasi peserta didik SMP IT Masjid Syuhada pada tahun 2016 sebagai berikut:

1. Juara 1 Nasyid Acapella Putra dalam Bina Umat Competition 2016
2. Juara 2 Lomba Renang Gaya Dada 50M Putra dalam Olimpiade Olahraga Siswa Nasional (OOSN) Tingkat Kota Yogyakarta 2016
3. Juara 2 Lomba Renang Gaya Dada 100M Putra dalam Olimpiade Olahraga Siswa Nasional (OOSN) Tingkat Kota Yogyakarta 2016
4. Juara 1 Lomba Lari 60M Putra dalam Olimpiade Olahraga Siswa Nasional (OOSN) Tingkat Kota Yogyakarta 2016
5. Juara 3 Lomba Tolak Peluru Putra dalam Olimpiade Olahraga Siswa Nasional (OOSN) Tingkat Kota Yogyakarta 2016
6. Juara 2 Lomba Nasyid Acapella dalam PASCO SMA Negeri 5 Yogyakarta Tahun 2016
7. Juara 2 MHQ Putri dalam MTQ Pelajar Tingkat Kota Yogyakarta Tahun 2016
8. Juara 3 Pidato Putra dalam MTQ Pelajar Tingkat Kota Yogyakarta Tahun 2016